Si certaines espèces « subissent » les effets du changement climatique, d’autres en profitent, parfois trop ;
Ces dernières années, certaines espèces se sont développées au détriment d’autres, dont certaines ont toujours été présentes dans la partie méridionale du bassin méditerranéen et se sont progressivement étendues et développées dans la partie septentrionale ; il s’agit, par exemple, du barracuda (Sphyraena viridensis) et de la demoiselle paon (Thalassoma pavo), organismes qui, toutefois, faisant déjà partie de l' »écosystème méditerranéen », ne créent généralement pas de problèmes environnementaux majeurs.
En revanche, les espèces dites exotiques, c’est-à-dire originaires de mers autres que la Méditerranée, peuvent causer de graves problèmes écologiques ; en effet, comme elles ne trouvent pas de prédateurs naturels, elles s’étendent souvent sans contrôle, concurrençant et gagnant les espèces indigènes.
Parmi les espèces exotiques qui menacent le plus l’écosystème méditerranéen figurent le poisson-lion (Pterois miles), le poisson-globe tacheté (Lagocephalus sceleratus) et le poisson-lapin (Siganus luridus). Les espèces benthiques les plus nuisibles sont les algues vertes du genre Caulerpa, en particulier C.cylindracea, qui compacte les fonds marins et empêche les espèces indigènes de s’enraciner.
Les espèces qui posent actuellement le plus de problèmes sont pour la plupart originaires de la mer Rouge et ont été rebaptisées « Lessepsiennes », en mémoire de Ferdinand de Lesseps, qui a construit le canal de Suez.
La présence d’espèces envahissantes est non seulement dommageable pour les écosystèmes, mais aussi pour les communautés locales qui en dépendent pour leur subsistance. La surveillance des phénomènes de changement climatique est essentielle pour élaborer des stratégies d’atténuation.